寧夏啟元藥業有限公司著眼于生物制藥行業世界一流的科技動態，建立了集研發、質保、菌種選育為一體的國家認定的企業技術中心和博士后科研工作站。

公司技術中心設有檢測分析實驗室及技術中心、菌種選育中心及發酵、提取、合成實驗室，承擔著公司產品提升、技術提升和質量提升的重要任務。擁有各類技術人員200余人，先后通過項目合作的形式與天津大學、南京工業大學、河北工業大學、寧夏大學、寧夏醫科大學、四川抗菌素工業研究所等多家高校和研究所建立了良好的合作關系。技術中心配備了國內領先的在線檢測儀器過程氣體分析質譜儀、高效液相色譜儀、高效氣相色譜儀、全自控智能發酵罐系統等，技術開發儀器設備原值達到6717萬元。經過技術人員的不懈努力，四環素發酵單位、總收率在國內居領先水平，紅霉素實驗室發酵單位接近國際先進水平。

公司技術中心圍繞公司主導產品，按照公司技術創新戰略要求，實施了多項科研項目，申請專利123件，其中發明專利99件，截止到2018年底，公司擁有有效發明專利33件。公司被寧夏回族自治區知識產權局授予“寧夏回族自治區知識產權示范企業”榮譽稱號，被國家知識產權局評定為“國家知識產權優勢企業”。

寧夏啟元國藥有限公司技術中心于2009年12月15日被自治區經信委、科技廳、財政廳、國稅局、地稅局、銀川海關首次認定為“自治區企業技術中心”。在長期發展運行過程中，多年來均被評定為“自治區企業技術中心”。目前，技術中心設有研發部、知識產權部和信息中心，還設有兩個常規實驗室、兩個中試車間及一個檔案資料室、一個檢測中心，一個學術委員會。技術中心技術開發擁有的主要研究開發、檢測儀器設備、儀器設備、設施的配套性、適用性、先進性均屬于區內、國內同行業的領先水平，主要用于內部使用，能夠保障企業科技創新需要。

啟元國藥技術中心作為實施“產學研”合作的主要載體，深入貫徹“以自主創新為主體，聯合大專院校、科研機構協同攻關”的指導思想，經過多年的不斷完善和改進，已具有健全的創新管理制度。中心與各高等院校、研究院所建立了多種形式的合作關系，立足于產品結構的特點及生產、檢測條件，加強與國內同行的交流與合作，聯合開展具有戰略性的研究開發，有力推動了制藥產業技術的升級，為公司搶占技術及市場制高點，提升公司綜合競爭力奠定了堅實基礎。技術中心始終致力于特色產品的研究和開發，充分利用寧夏當地的自然資源進行創新性技術的研究，并注重自主品牌的塑造，每年耗用大量的資金和人力進行產品的科技宣傳，著力打造“啟元牌”的品牌形象。目前，公司擁有的“啟元牌”已成為寧夏本地家喻戶曉的知名品牌。